智嘎寺尼经佛学院坐落在智嘎寺的后山，院中有一座不大的经堂，供有一尊两层楼高的释迦牟尼佛。经堂的周围有40多间觉姆们居住的小小禅房。尼经佛学院由仁珍•称勒南嘉法王的一位弟子——常年住在台湾的嘎巴堪布发心，于2011年创建。

尼经佛学院坐落之地，是晋美慈城上师修行之所，晋美慈城上师圆寂后，仁珍•称勒南嘉法王提议：“当地的觉姆们一直没有自己的寺院，修行很不方便，此处是个很殊胜的地方，为觉姆们在此地修建寺院，功德无量。”智嘎寺尼经佛学院因此缘起而建。

尼经学院创建后，有多位觉姆在这里生活、学习、修行，智嘎寺五明佛学院派出堪布指导觉姆们的学习和修行。觉姆们在这里学习诸多佛教经论教典及进行闻、思、修、讲、辩等各种佛法的修习。

每年尼经学院都会举行年底的各项考试：笔考、讲考、辩论，对成绩优异的觉姆进行奖励。每个月的初十、二十五两天都会开莲师荟供法会，最初为仁珍•称勒南嘉法王祈福、遣除寿障第一次召开了为期7天的金刚萨垛法会，从此金刚萨垛法会被作为尼经佛学院的常规法会一直延续了下来。